In een nabije toekomst dromen vele jongens en meisjes van twee dingen: het winnen van het prestigieuze Custom Robo Kampioenschap en het bestrijden van de tergende robotmisdaad als speciaal agent. Voordat beide echter mogelijk zijn, zullen zij zich moeten bewijzen als beginnende Robo Fighters in de Custom Robo Arena's.
Me gamer, you robot
Een robot in Custom Robo Arena is niet vanaf het begin gevechtsklaar voor het uiteindelijke Kampioenschap. Hij zal zich door verschillende voorrondes en kleinere competities moeten vechten, waarin hij steeds meer extra onderdelen voor zijn eigenaar vrijspeelt. Deze zijn gerangschikt naar de categorieën Body, Pod, Gun, Bombs, en Legs. Het is aan de speler het gewonnen materiaal op de juiste manier aan te wenden en zijn robot te pimpen tot een niet te kloppen mechanische man.
De wereld ligt open
In de diverse singleplayer modes van Custom Robo Arena battle je tegen een pittige AI-tegenstander. Durf je het echter tegen een menselijke tegenstrever op te nemen? Gebruik dan de in de Nintendo DS geïntegreerde WiFi Connection. Over deze verbinding ligt de gehele wereld voor je open. In de diverse multiplayer modes kies je een ofwel willekeurige tegenstander of iemand van een vergelijkbaar niveau. De spelopties maken het mogelijk om codes van vrienden of juist aartsrivalen toe te voegen voor snel onderling online contact.